La chiesetta Di fatto la chiesa di S. Tomaso non fu più utilizzata a partire dal 1577. Nel 1998, la Comunità Montana del Lario Orientale, ha promosso il restauro architettonico – conservativo e strutturale della Chiesa, oltre al restauro del dipinto a olio su tela e del dipinto murale collocati nel presbiterio e la sistemazione dell’area esterna circostante.
Il tajasass II nostro territorio durante le grandi glaciazioni della prima parte dell'Era Quaternaria, è stato coperto da ghiacci fino ad una altezza di 1.030 m. sul livello del mare sul versante orientale e fino a 1.150 m. sul versante della Val Brona. Dai ghiacciai sono stati trasportati piccoli e grandi frammenti di materiale roccioso estraneo al nostro territorio come il "ghiandone" della Val Masino e della Val Bregaglia, il "serpentino" della Valmalenco e gli "scisti" delle Orobie e della Valle di Spluga. I massi di maggiori dimensioni si sono depositati allo scioglimento dei ghiacciai nei luoghi dove si trovano ancora e vengono detti "massi erratici" o"trovanti”. Tra i molti esistenti ricordiamo i 5 "Massi della Molinata" sul fondo della valle che da S.Tomaso porta al Prasanto, in serpentino e ghiandone. I Valmadreresi d'oggi sono usi chiamare "Taja Sass" l'antica zona "Molinata", situata a pochi passi dalle masserie di S.Tomaso. Il nome deriva dal fatto che un immenso bellissimo masso erratico ("sass") di "verdone" della Valmalenco fu "tagliato" a scopo industriale da una ditta di marmi, la Ditta Marcila di Lecco. La "cava" operò dagli ultimi decenni dell'800 sino al 1920-'30; i grossi blocchi di serpentino che ne uscirono furono poi convertiti in gradini, davanzali e monumenti funerari.
I mandorli Una delle caratteristiche più amate ed ammirate dai visitatori di San Tomaso sono i mandorli che circondano il prato retrostante la Chiesetta. Durante il Mese di Marzo la loro fioritura dipinge di un rosa tenue i contorni del prato e fa da anteprima a chi osserva i Corni di Canzo da San Tomaso.